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在这种压力下，错误是会出现的。个严重的错误就是忽视了海军的行政管理工作。在8年的独立战争，个接着个，竟成立了多达4个管理殖民地海军的独立机构。最初是在1775年10月旬成立了3人海军委员会。两周以后，它又增至7人；接着又于12月更名为海上委员会，成员则增至每个殖民地人。这个机构很不灵活，而且缺乏工作效率，结果在1779年又宣布撤消，代之以个由3人组成的海军部委员会。但成员没有人熟悉海军情况，而且经费很少。因此，当罗伯特·莫里斯在1781年就任殖民地的财务监督时，委员会希望他能够给予帮助。莫里斯以美国最富有的人而名重时，他的理财天赋使他成为天然的财务总管。但他的能力不止于此。他对海军需求的了解超过了整个海军部委员会的总和。“海军部”很快承认了这点(很可能在某种程度上松了口气)。于是，这个委员会又于1781年9月解散。莫里斯成了海上事务主管，对舰队的组织承担完全的责任和权力。
莫里斯的能力直受到赞扬。如果说国会在选择他之前犯了错误的话，至少它在找到合适的人选前愿意努力，直到找到合适的人选。但是，到那时，切确实已经太迟了。在整个战争，殖民地海军的各类军舰不超过60艘。甚至在1777年数量最多时，也只有34艘。这支舰队直是袖珍海军，而且到1781年时，几乎已经不再存在。在1775年冬季仓促订购的13艘快速帆船，只有1艘，即在康涅狄格州查塔姆建造的装备有28门大炮的“特朗布尔”号继续保存下来。其余的12艘全部沉没、烧毁、被炸毁或被俘虏。除“特朗布尔”号外，唯保存下来的只有以后订购的3艘快速帆船“联盟”号、“邦联”号和“迪恩”号以及1艘多帆单桅小船“萨拉托加”号。
“邦联”号于1781年4月投降；同月。“萨拉托加”号失踪，可能是被飓风刮沉的。8月，“特朗布尔”号投降。富有讽刺意味的是，它是向“世界上最好、最快的快速帆船”、度曾是殖民地海军的“汉科克”号的“爱里斯”号投降的。因此，当莫里斯接任时，所谓的邦联海军只有两艘现役军舰。然而，保卫美国海上利益的远不止这两艘军舰；从1778年2月6日以来，还有和美国结盟的法国海军；自战争开始以来，还有各州的海军和私掠船。
1776年初，约翰·亚当斯曾经表示，希望各个殖民地海军(各个“州”的海军)和个人的舰只和大陆殖民地海军的舰只样，“至少能保证航行船只免遭小艇和供应船的劫掠行为”。除此之外，各州的海军很难承担其他的任务。在数量上，它们远远超过鼎盛时期的殖民地海军，但以单个舰只而论，却远远弱于殖民地海军，而且般只有两种非常基本的舰只。
“种是划浆的单层甲板大帆船，另种是火攻船”，亚当斯在那举起革命旗帜的夏天写道。他相信，这些舰只加上浮动炮台能够给敌人军舰造成恐怖。火攻船的威胁确实是很大的，而且他希望，由于划桨的单层甲板大帆船船身低且小，敌舰几乎不可能把炮火对准它们。根据他的判断，最好是在我们港口的诸岛之间由这种单层甲板大帆船同军舰进行“捉迷藏式的战斗”。他的看法部分是正确的，但正如他后来发现的，这种游击战只有很有限的作用。而且从美国的观点来看，建立各州海军所带来的两个结果都是消极的。在战争期间，他们拿走了武器、器材、人员和时间，如果这些都用于美国海军的话，情况就会好得多。更重要的是，它们促成了对纯粹的海岸防御战略的崇拜，这就会使得建立支远洋海军没有必要。与各州海军所带来的所有好处相比，这种崇拜给美国带来了更多的麻烦，而且持续了很长的时间。
另外种是私掠船。在战争期间，大多数海上国家以这种船只作为官方海军部队的非正-->>